Pada zaman 800M ni,Johor di bawah pemerintahan Majapahit. dan pada tahun1400,Johor pula diperintah oleh Kesultanan Melayu Melaka. Pada Tahun 1511,Melaka dijajah oleh Portugis dan Sultan Melaka pada masa itu iaitu Sultan Mahmud Shah telah melarikan diri ke Pahang dan kemudiannya ke Bentan(sebuah kawasan di johor).Pada tahun 1528, anak kepada Sultan Mahmud shah, Sultan Alauddin Riayat Shah telah pon menubuhkan Kesultanan Johor.Kawasan Jajahannya adalah Johor - Riau, wilayah yang terbentang dari sungai Klang hingga ke Linggi dan Tanjung Tuan, Muar, Batu Pahat, Singapura, Pulau Tinggi dan pulau-pulau lain di pantai timur semenanjung Tanah Melayu serta Kepulauan Karimun, Bintan, Bulang, Lingga, Bungaran, Kota Baru, Kampar dan Siak di Sumatera.
Bagaimana Kesultanan Melaka di jatuhkan dan jadinya Kesultanan Johor?
Setelah Sultan Melaka melarikan diri ke Bentan, Sultan Mahmud Shah mengumpulkan semula semua askarnya dan menyerang Melaka beberapa kali dan membuat sekatan perdagangan. Portugis merana kerana banyak serangan dilakukan oleh Sultan Mahmud Shah. Beberapa percubaan untuk menewaskan askar-askar Sultan Mahmud Shah dilakukan. Akhirnya, pada tahun 1526, seangkatan kapal yang besar di bawah Pedro Mascarenhaas dihantar oleh negeri Portugal untuk memusnahkan bandar Bentan. Sultan Mahmud terpaksa melarikan diri melintasi Selat Melaka ke Kampar, Sumatra di mana baginda mangkat. Beliau meninggalkan dua orang putera iaitu Tengku Muzaffar Shah dan Tengku Alauddin Riayat Shah.
Muzaffar Shah seterusnya menjadi Sultan Perak manakala Alauddin Riayat Shah menjadi sultan Johor yang pertama. Kesultanan Johor juga dikenali sebagai "Kesultanan Johor-Riau-Lingga".